제 1 조 (목적) 이 규정은 기초과학 분야에 대한 연구와 교육 지원 및 산학협동 활성화를 위하여 「서울대학교 학칙」 제23조제3항에 따라 설치된 서울대학교 기초과학연구원의 조직과 운영에 관한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

제 2 조 (직무) 서울대학교 기초과학연구원(이하“연구원”이라 한다)은 다음 각 호의 업무를 수행한다.
  1. 기초과학 분야에 대한 연구
  2. 기초과학 분야 산학연 협력을 통한 연구 네트워크 구축 및 이와 관련된 활동
  3. 학술 및 교육 지원 활동
  4. 그 밖에 기초과학 분야 연구에 필요하다고 운영위원회가 심의 의결한 사항

제 3 조 (원장 및 직무대행 등)
① 연구원의 원장은 자연과학대학장으로 겸보하는 것을 원칙으로 하되, 총장이 임명하고, 그 임기는 2년으로 한다.
② 원장은 연구원을 대표하고 관련 업무를 총괄한다.
③ 부원장을 둘 수 있으며, 부교수 이상의 본교 전임교원 중에서 원장의 추천으로 총장이 임명하고, 그 임기는 2년으로 한다.
④ 원장이 부득이한 사유로 직무를 수행할 수 없을 때에는 부원장이, 그리고 부원장이 부득이한 사유로 직무를 대행할 수 없을 때에는 제4조제1항에 규정된 순서에 따른 조직의 장이 그 직무를 대행한다.

제 4 조 (조직 등)
① 연구원에 통계연구소, 분자과학연구소, 지질환경연구소, 대기환경연구소, 분자세포생물학연구소, 핵·입자천체물리연구소, 과학기술과미래연구센터, 천문우주연구센터, 연구지원실 및 행정실을 둔다.
② 각 연구소, 센터 및 실에 장을 두며, 각 장은 부교수 이상의 본교 전임교원 중에서 원장이 임명한다. 다만, 행정실장은 직원 중에서 원장이 임명한다.
③ 각 연구소, 센터 및 실은 다음 각 호의 내용에 따라 업무를 분장한다.
  1. 통계연구소: 통계 이론, 통계 기법의 개발과 적용 등에 관한 사항
  2. 분자과학연구소: 분자 구조, 유기 합성, 생체 분자 모방, 무기 재료 및 기기 분석 등에 관한 사항
  3. 지질환경연구소: 지질 및 자원 탐사 등에 관한 사항
  4. 대기환경연구소: 각종 규모의 대기의 순환, 기후의 변화, 대기 환경 등에 관한 사항
  5. 분자세포생물학연구소: 진핵 세포의 분화, 발생 및 유전 등의 조절기작에 관한 사항
  6. 핵·입자천체물리연구소: 핵, 입자 및 천체와의 융합분야 등에 관한 사항
  7. 과학기술과미래연구센터: 과학기술학의 관점에서 미래에 대한 연구, 미래 전략 개발에 관한 사항
  8. 천문우주연구센터: 국가 우주 개발계획을 뒷받침할 우주 연구인력 양성 및 과학적 임무 개발에 관한 사항
  9. 연구지원실: 기초과학육성, 학제간 공동연구 및 특정연구 개발 업무에 관한 사항
  10. 행정실: 보안, 관인관수, 서무, 회계, 연구비관리, 통관서비스 및 그 밖의 행정에 관한 사항

제 5 조 (연구원 등)
① 연구원에 겸무연구원, 책임연구원, 선임연구원, 연구원, 객원연구원 및 보조연구원을 둘 수 있다.
② 겸무연구원은 본교 전임교원 중에서 소속 대학(원)장의 동의를 얻어 원장의 추천으로 총장이 임명하며, 그 임기는 2년 이내로 한다.
③ 책임연구원, 선임연구원, 연구원 및 객원연구원의 임용·위촉 등에 관한 사항은 「서울대학교 연구원 임용 규정」에 따른다.
④ 보조연구원은 전문학사 이상의 학위 소지자 중에서 원장이 임명하며, 그 임기는 1년 이내로 한다.

제 6 조 (운영위원회)
① 연구원 운영에 관한 중요사항을 심의하기 위하여 운영위원회(이하 “위원회”라 한다)를 둔다.
② 위원회는 위원장을 포함하여 20명 이내의 위원으로 다음 각 호와 같이 구성한다.
  1. 위원장은 원장으로 한다.
  2. 부원장, 각 연구소장과 센터장은 당연직 위원이 된다.
  3. 그 밖의 위원은 교내외 인사 중에서 원장이 임명 또는 위촉한다.
  4. 당연직 위원의 임기는 그 직에 재직하는 기간으로 하고, 그 밖에 위원의 임기는 2년 이내로 한다.
③ 위원장은 위원회의 사무를 총괄하며, 위원회의 회의를 소집하고 그 의장이 된다.
④ 위원회는 다음 각 호의 사항을 심의한다.
  1. 기본 운영 계획과 장단기 사업계획에 관한 사항
  2. 예산 및 결산에 관한 사항
  3. 연구과제 개발, 선정 및 평가
  4. 소위원회 설치에 관한 사항
  5. 연구기금 조성 및 관리
  6. 연구원 규정의 개정 및 심의
  7. 그 밖에 연구원 운영에 관한 중요 사항
⑤ 위원회의 회의는 재적위원 과반수의 출석으로 개회하고, 출석위원 과반수의 찬성으로 의결한다.

제 7 조 (운영세칙) 그 밖에 연구원 운영에 필요한 세부사항은 위원회의 심의를 거쳐 원장이 따로 정한다.

부 칙 (제1054호)
①이 규정은 공포한 날부터 시행한다.
②이 규정의 시행과 동시에 서울대학교자연과학종합연구소규정, 서울대학교자연과학대학부설통계연구소규정, 서울대학교자연과학대학부설물성과학연구소규정, 서울대학교자연과학대학부설분자과학연구소규정, 서울대학교자연과학대학부설광물연구소 규정, 서울대학교자연과학대학부설대기환경연구소규정은 폐지한다.
③(경과조치) 이 규정의 시행으로 폐지되는 각 연구소의 제반 권리와 의무는 연구원이 승계한다.

부 칙 (제1173호)
①이 규정은 공포한 날부터 시행한다.
②이 규정의 시행과 동시에 서울대학교자연과학대학부속분자세포생물학연구소규정은 폐지한다. ③(경과조치) 이 규정의 시행으로 폐지되는 각 연구소의 제반 권리와 의무는 연구원이 승계한다.

부 칙 (제1189호) 이 규정은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙 (제1299호)
①(시행일) 이 규정은 공포한 날부터 시행한다.
②(경과조치) 종전의 규정에 의하여 임명·위촉된 경우는 이 규정에 의하여 임명·위촉된 것으로 본다.

부 칙 (제1662호) 이 규정은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙 (제1784호) 이 규정은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙 (제1837호) 이 규정은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙 (제1919호) 이 규정은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙 (제1837호) 이 규정은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙 (제1919호) 이 규정은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙 (제2233호) 이 규정은 공포한 날부터 시행한다.

부 칙 (제2254호) 이 규정은 공포한 날부터 시행한다.